无菌室内应备有工作浓度的常用消毒液，如苯酚酸(碱)溶液，75％的酒精，0.1％的新洁尔灭溶液等等。无菌室的位置一般要求建在人员流动较少的地方，距离普通的办公环境或者微生物准备室要有一定的距离。无菌室内必须配备相应的缓冲工作间用于摆放专用白大褂或专用衣帽等。
无菌室中的物流窗应避免与空气产生直接对流，最好不要正对着无菌室大门；空调需有可靠的多重高效过滤除菌系统；所有照明和紫外灯电源总开关应设置于无菌室门口或门外。无菌室整个布局设计应按照人、物分离原则，防止交叉污染。
此外，在人员通道可配备高效风淋室以减少实验人员带入的污染。对无菌室和其内部的超净工作台、生物安全柜都必须进行定期监测和日常维护，并有监测和维护记录。日常维护主要包括紫外线灯擦拭、滤网擦洗更换、空气消毒及全面清洁卫生等川。
无菌室的建材使用控制
用于无菌室建设的所有材料均应符合消防和环保要求，具有耐腐蚀和易清洁的特点。无菌室的内部装修应整齐、光滑、避免凹凸、所有角落最好设置为球弧体状以避免灰尘长期堆积难以清扫和消毒。
无菌室的各个通道进出口应采用门缝紧密且打开后能自动闭合的推拉式门，墙壁及吊顶应采用隔热防火、耐化学腐蚀、耐水分渗透、隔音且易清洁的新型建材以防止尘垢堆积、材料脱落、滋生霉菌、不易清洁等情况的发生。
总体上，无菌室应尽量设计成完全封闭的模式，一般仅靠高效过滤系统与外界进行空气交换。当前空气洁净技术已经发展得比较成熟，在很多学科领域都得到了广泛的应用，目前很多食品微生物检测用的无菌室也都已采用比较先进和方便易用的的层流净化系统装置，基本上都能保证食品微生物学检验过程中无菌状态、恒温恒湿、稳定风速风量和空气洁净度的要求。
无菌室环境及净化控制
无菌室无菌环境的质量控制是微生物检验获得准确数据极为重要的环节。食品微生物学检验对无菌的环境和无菌操作的要求非常严格，整个检测过程始终要求在无菌状态下以无菌操作方式进行，所以对无菌状态的质量控制是微生物检验结果准确可靠的保证。操作人员要严格定期对无菌室消毒效果进行评价，同时要制定合理的环境监测程序，对环境监测结果进行数据分析，严格按照相应国家标准设定的不同工作区域可接受的菌落数量，对出现超标情况的处理要进行文件化控制。
此外，无菌室内的环境情况例如温度和湿度等可能会影响无菌室内的消毒灭菌效果，通常情况下温度应控制在22℃左右，相对湿度不超过65％会比较适宜。整个无菌室应采用先进高效层流空气净化系统以保证恒温、恒湿、换气量和空气洁净度的相关要求。空气净化系统中的高效过滤膜能对空气中不同大小规格的尘埃粒子进行有效过滤，防止附着在尘埃粒子上的微生物污染无菌室；采用从顶部送风、下侧回风的气流组织方式既保证了洁净度，又节约了能源。
同时高效空气过滤系统通风量能满足人员的需要，较好解决传统无菌室不能置换新鲜洁净空气、工作环境差等问题。
此外，应定期对无菌室的无菌程度进行监测，可参考医药工业洁净室相关标准对于尘埃粒子、沉降菌、浮游菌等项目的限量对食品微生物无菌室进行定期测试。沉降菌法有最简单、最直观，也最能真实地反映物体表面(特别是控制部位)自然污染程度的特点，故也可采用平板计数琼脂和孟加拉红琼脂平板各3块，等距离置于无菌室工作位置的一条对角线上，开盖暴露15min，分别在36℃培养48h，28℃培养5d后计数沉降的细菌和霉菌及酵母的菌落数，若平均菌落数超过3CFU/皿，则应当对无菌室空气和无菌室内的物体表面进行消毒以改善其无菌环境。
