疾控中心实验室由于检测项目容易造成交叉污染，因此对于空调系统提出了十分严格的规定。它必须具备独立、灵活、节能的特点。不同的实验室不得通过空调系统发生空气交换，各实验室的空调应具有独立回风的功能，避免造成交叉污染。对于常用实验室，每天使用的数量、时间多不统一。这些实验室使用的不确定因素，导致空调的运行负荷波动较大，因此，希望空调系统具有较好的负荷调节功能。

实验室加班较多，为了保持实验过程的连贯性，往往需要超时使用，其工作特性决定了实验室的使用时间不受正常作息时间的限制，甚至无法通过制订计划来预见和安排实验室的工作时间，尤其在应对突发公共卫生事件时更需要实验室能够随时启用，因此希望空调系统具有提供小负荷的功能。

有洁净、恒温恒湿、负压等特殊空气条件要求的实验室，空气调节系统宜分别独立设置；若采取合并系统，应按功能、类别进行归类组合形成不同的系统单元，各系统单元独立设置。不同功能类别的实验室，不得采用公共新风、回风和排风系统，防止不同实验室的空气随回风相互混合，造成交叉干扰。

无特殊要求房间除门窗通风外，可设侧墙换气扇通风，在理化区应多设通风柜及吸气罩，凡产生有害气体设备如光谱及色谱分析类设备均应设吸气罩，设计时应确定位置和高度，并留有发展空间，在化学试剂库房吸风罩与试剂柜相连，设感应装置，自动排气。

所有通风柜的排风系统宜独立设置，即“一柜一管风机系统”，不宜共用风道，不得借用消防风道。实验室不宜采用不同实验室之间空气交换的中央空调系统，避免造成交叉污染，独立实验室可采用单独空调，单元组合类实验室可设风机盘管系统或变频变冷媒流量一拖多系统。